Il y a un truc que je ne suis pas sur de comprendre : même s'il y a des points commun, le fluide est différent d'une plante à l'autre non ? Et évolue au fil des pluies, du vieillissement des urnes, des proies etc...
Donc du fluide "mélangé" de plusieurs neps et pris à différents moments et/ou par différentes personnes ça t'irait quand même ?
lolo
Besoin de fluide
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un lolo de plus
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Salut tout le monde.
Le probleme est que je travaille a Calgary, et que donc le climat c'est pas ca du tout: humidite 20%, temperature, 20-25 l'ete -20-40 l'hiver. Du coup j'ai recours a un terrarium et les plantes poussent tres bien dedans mais je suis limite par la taille de la bete ^^
Sinon cote fluide, ce qui m'interresse c'est le contenu en enzyme du fluide, en qualite, c'est a dire qu'elles sont les proprietes des enzymes du fluide. Nourri ou pas, ete ou hiver, c'est pas tres grave car je vais purifier les proteines du fluides qui m'interressent.
@moonster
Si le volume demande est trop grand / espece, je serais aussi interresse par de petits echantillons, genre 5cl par plantes pour tester les proprietes et selectionner celle qui me parrait la mieux, si differences il y a. Je pense que se sera le premier test a faire d'ailleurs. dans ce cas la de tout petits flacons ferons l'affaire. Un pour chaque espece et des que t'as 50ml de fluide je te file les coordonnees de mon labo et je te prepaye un fedex international.
Pour ce qui est de mes travaux, en fait je m'interresse aux proprietes biochimiques et aus specificite des proteases acides cousines de notre pepsine gastrique. Je cherche des enzyme capable de travailler dans les memes conditions mais ayant des specificite differentes, Temperature optimale, activite specifique, ... Si pas presentation est accepte a la conf internationalle je vous en ferais passer une copie si vous etes interresses.
Le probleme est que je travaille a Calgary, et que donc le climat c'est pas ca du tout: humidite 20%, temperature, 20-25 l'ete -20-40 l'hiver. Du coup j'ai recours a un terrarium et les plantes poussent tres bien dedans mais je suis limite par la taille de la bete ^^
Sinon cote fluide, ce qui m'interresse c'est le contenu en enzyme du fluide, en qualite, c'est a dire qu'elles sont les proprietes des enzymes du fluide. Nourri ou pas, ete ou hiver, c'est pas tres grave car je vais purifier les proteines du fluides qui m'interressent.
@moonster
Si le volume demande est trop grand / espece, je serais aussi interresse par de petits echantillons, genre 5cl par plantes pour tester les proprietes et selectionner celle qui me parrait la mieux, si differences il y a. Je pense que se sera le premier test a faire d'ailleurs. dans ce cas la de tout petits flacons ferons l'affaire. Un pour chaque espece et des que t'as 50ml de fluide je te file les coordonnees de mon labo et je te prepaye un fedex international.
Pour ce qui est de mes travaux, en fait je m'interresse aux proprietes biochimiques et aus specificite des proteases acides cousines de notre pepsine gastrique. Je cherche des enzyme capable de travailler dans les memes conditions mais ayant des specificite differentes, Temperature optimale, activite specifique, ... Si pas presentation est accepte a la conf internationalle je vous en ferais passer une copie si vous etes interresses.
d'accord, je me suis équipé d'une seringue et d'une pipette pour l'occasion :D
je vais commencer, et je te donne des nouvelles très bientôt.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Peptidase
j'ai parcouru cet article, histoire de m'informer un peu, mais j'ai du mal à comprendre le pourquoi de ces recherches :
tu travailles dans un laboratoire, c'est ton métier ? c'est une étude pharmaceutique ?
Quelle serait la finalité de cette étude ?
Si je comprends bien, tu cherche à comparer le processus chimique de digestion des nepenthes à celui de l'humain ?
je vais commencer, et je te donne des nouvelles très bientôt.
http://fr.wikipedia.org/wiki/Peptidase
j'ai parcouru cet article, histoire de m'informer un peu, mais j'ai du mal à comprendre le pourquoi de ces recherches :
tu travailles dans un laboratoire, c'est ton métier ? c'est une étude pharmaceutique ?
Quelle serait la finalité de cette étude ?
Si je comprends bien, tu cherche à comparer le processus chimique de digestion des nepenthes à celui de l'humain ?
Petit cours de biochimie oriente echange hydrogene deuterium couple a la spectrometrie de masse. Ca c'est mon dada, avec les proteines membranaires, alors imaginez vous un melange des 2: c'est le pied, enfin ma these ^^
Voir mon premier post Nenpenthes et science.
Pour faire court. Je travaille en biochimie structurale dans un labo de spectrometrie de masse. Mon boulot consiste a analyser les interactions entre une proteine et un partenaire (qui peut etre proteique, comme glucidique, lipidique ou une drogue). Je fais cela en regardant comme la proteine incorpore du deuterium (un isotope stable de hydrogene) quand elle est seule ou en complexe avec son partenaire. Comme le D est appporte par le solvant (ici de l'eau lourde que l'on melange a la solution de proteine), l'incorporation du D sera plus forte au niveau de la surface de la proteine (en contact avec le solvant) qu'a l'interieur (imaginez-vous une patate, quand on la trempe dans l'eau on mouille l'exterieur, pour les proteines c'est presque pareil). Si cette proteine est en contact avec un partenaire, on peut penser que la surface d'interaction avec son partenaire est maintenant protege du solvant (encore avec la patate, vous lui collez un pansement et vous la trempez dans l'eau, la surface pansee n'est pas mouille, donc pas deuteree).
Mais ou intervient donc le fluide digestif.
Il faut se rendre compte que ce que l'on obtient en spectrometrie de masse, c'est ... une masse (ca a l'air idiot mais il faut pas l'oublier). Regarder la difference de masse d'une proteine entiere entre deux etats, ca nous renseigne pas vraiment sur la localisation de cette difference. En effet savoir que la patate est moins mouille en presence du pansement c'est bien mais pas genial et on peut faire beaucoup mieux. On va mouiller la patate puis on va decouper la patate ! Enfin la proteine quoi... maintenant on va analyser le changement de masse de chaque bout de patate (enfin de morceaux de proteine). En identifiant chaque bout de proteine et en connaissant leurs changement de masse, on va pouvoir savoir precisement ou la difference de masse se trouve ^^ (entre la patate et la patate pansee, ou la proteine seule et avec son partenaire) et ainsi identifier le site de fixation de ce partenaire sur cette proteine.
Mais on a toujours pas explique pourquoi le fluide (mais vous avez peutetre une idee deja). Pour decouper une patate il faut un couteau, pour une proteine aussi, mais plus petit que l'on appelle les endopeptidases (ou proteases). Il en existe plein, la trypsine, la protease V8, Glu-C, la proteinase K, la pepsine ... Le soucis c'est que le marquage par echange Hydrogene/deuterium n'est stable qu'a pH=2.5 et que ca ne plait pas du tout aux endoproteases. Parmi celles citees plus haut, seule la pepsine travaille a ce pH et comme toute endoprotease elle a ses preferences de coupures.
Petite digression: Une proteine est faite de acides amines accroches les uns aux autres pour former un fil (ca c'est la structure primaire, 1D). Ce fil va former des torsades (comme des boucles de cheveux: les helices alpha), des lacets (comme a l'alpe d'Huez: les feuillets beta), des coudes, ou autres: c'est la structure 2D. Ces structures vont s'arranger dans l'espaces et former une pelote, un patatoide, un blob : c'est la structure 3D. Ainsi des acides amines lointains dans la sequence (1D) peuvent se retrouver proche dans l'espace (3D) par le biais des divers repliements (garder ca en tete c'est important).
Mais revenons en a la pepsine. Meme si elle n'est pas specifique (au sens ou elle coupe toujours entre tel et tel acide amine), elle a ses preferences de coupures. Elle va preferer couper entre un tel et un tel mais pas autour d'un autre. Ce qui peut poser de gros soucis quand on a une proteine donc la sequence est faite d'acide amines que la pepsine n'aime pas. Dans se cas, on a tres peu de coupures donc de gros bouts de proteines donc on arrive pas a localiser precisement ou se situe le changement de deuteration. Coupez une patate en 4 au milieu du pansement et chaque bout de patates verra une différence de mouillage entre la version normale et la version pansée, ca veut pas pour autant dire que toute la patate est pansée
Coupez la en 100 des et seulement 5 d'entre eux montrerons une difference. en repositionnant dans l'espace les des montrant un changement, vous pouvez localiser precisement ou se situe le pansement, a une précision égale a la taille de vos des.
Pour palier ce soucis de resolution du aux preferences de la pepsine, j'ai deja publie un papier sur la protease de type XVIII, la rhizopuspepsin, produite par un champignon (Rey, M., Rapid Commun Mass Spectrom. 2009 Nov;23(21):3431-8.). Celle-ci montre d'autres preferences, mais reste tres tres proche de la pepsine, trop proche. Apres des etudes phylogénétiques, il semblerait que la nepenthesine (la l'endoprotease des nepenthes) est l'endoprotease acide la plus eloignee que l'on connaisse. J'espere donc qu'elle aura des specificites de coupures tres differentes de la pepsine, ce qui semble etre le cas d'apres mes premieres analyses, mais shuuuut c'est une secret, enfin plus vraiment puisqu'on a soumis un resume a une conference mondial ou il va y avoir 5000 chercheurs . C'est pour ca que je veux l'etudier a fond. Si j'arrive a trouver une protease acides tres differentes, en couplant les deux on pourrait avoir une sorte de super ciseaux et ainsi faire du meilleur boulot ! Si ca marche je vais publier un gros papier dans un bon journal et ca sera toujours ca de pris sur le CV et peut-etre qu'un jour tout les gens utiliserons de la nepenthesin et qu'on verra des plantes dans tout les labos ^^
Bon voila, j'espere que ca a ete clair, j'ai essaye de faire au mieux, le plus didacticiel possible, mais vulgariser de la recherche c'est pas toujours evident. Si vous avez des questions je suis bien entendu la.
Voir mon premier post Nenpenthes et science.
Pour faire court. Je travaille en biochimie structurale dans un labo de spectrometrie de masse. Mon boulot consiste a analyser les interactions entre une proteine et un partenaire (qui peut etre proteique, comme glucidique, lipidique ou une drogue). Je fais cela en regardant comme la proteine incorpore du deuterium (un isotope stable de hydrogene) quand elle est seule ou en complexe avec son partenaire. Comme le D est appporte par le solvant (ici de l'eau lourde que l'on melange a la solution de proteine), l'incorporation du D sera plus forte au niveau de la surface de la proteine (en contact avec le solvant) qu'a l'interieur (imaginez-vous une patate, quand on la trempe dans l'eau on mouille l'exterieur, pour les proteines c'est presque pareil). Si cette proteine est en contact avec un partenaire, on peut penser que la surface d'interaction avec son partenaire est maintenant protege du solvant (encore avec la patate, vous lui collez un pansement et vous la trempez dans l'eau, la surface pansee n'est pas mouille, donc pas deuteree).
Mais ou intervient donc le fluide digestif.
Il faut se rendre compte que ce que l'on obtient en spectrometrie de masse, c'est ... une masse (ca a l'air idiot mais il faut pas l'oublier). Regarder la difference de masse d'une proteine entiere entre deux etats, ca nous renseigne pas vraiment sur la localisation de cette difference. En effet savoir que la patate est moins mouille en presence du pansement c'est bien mais pas genial et on peut faire beaucoup mieux. On va mouiller la patate puis on va decouper la patate ! Enfin la proteine quoi... maintenant on va analyser le changement de masse de chaque bout de patate (enfin de morceaux de proteine). En identifiant chaque bout de proteine et en connaissant leurs changement de masse, on va pouvoir savoir precisement ou la difference de masse se trouve ^^ (entre la patate et la patate pansee, ou la proteine seule et avec son partenaire) et ainsi identifier le site de fixation de ce partenaire sur cette proteine.
Mais on a toujours pas explique pourquoi le fluide (mais vous avez peutetre une idee deja). Pour decouper une patate il faut un couteau, pour une proteine aussi, mais plus petit que l'on appelle les endopeptidases (ou proteases). Il en existe plein, la trypsine, la protease V8, Glu-C, la proteinase K, la pepsine ... Le soucis c'est que le marquage par echange Hydrogene/deuterium n'est stable qu'a pH=2.5 et que ca ne plait pas du tout aux endoproteases. Parmi celles citees plus haut, seule la pepsine travaille a ce pH et comme toute endoprotease elle a ses preferences de coupures.
Petite digression: Une proteine est faite de acides amines accroches les uns aux autres pour former un fil (ca c'est la structure primaire, 1D). Ce fil va former des torsades (comme des boucles de cheveux: les helices alpha), des lacets (comme a l'alpe d'Huez: les feuillets beta), des coudes, ou autres: c'est la structure 2D. Ces structures vont s'arranger dans l'espaces et former une pelote, un patatoide, un blob : c'est la structure 3D. Ainsi des acides amines lointains dans la sequence (1D) peuvent se retrouver proche dans l'espace (3D) par le biais des divers repliements (garder ca en tete c'est important).
Mais revenons en a la pepsine. Meme si elle n'est pas specifique (au sens ou elle coupe toujours entre tel et tel acide amine), elle a ses preferences de coupures. Elle va preferer couper entre un tel et un tel mais pas autour d'un autre. Ce qui peut poser de gros soucis quand on a une proteine donc la sequence est faite d'acide amines que la pepsine n'aime pas. Dans se cas, on a tres peu de coupures donc de gros bouts de proteines donc on arrive pas a localiser precisement ou se situe le changement de deuteration. Coupez une patate en 4 au milieu du pansement et chaque bout de patates verra une différence de mouillage entre la version normale et la version pansée, ca veut pas pour autant dire que toute la patate est pansée
Coupez la en 100 des et seulement 5 d'entre eux montrerons une difference. en repositionnant dans l'espace les des montrant un changement, vous pouvez localiser precisement ou se situe le pansement, a une précision égale a la taille de vos des. Pour palier ce soucis de resolution du aux preferences de la pepsine, j'ai deja publie un papier sur la protease de type XVIII, la rhizopuspepsin, produite par un champignon (Rey, M., Rapid Commun Mass Spectrom. 2009 Nov;23(21):3431-8.). Celle-ci montre d'autres preferences, mais reste tres tres proche de la pepsine, trop proche. Apres des etudes phylogénétiques, il semblerait que la nepenthesine (la l'endoprotease des nepenthes) est l'endoprotease acide la plus eloignee que l'on connaisse. J'espere donc qu'elle aura des specificites de coupures tres differentes de la pepsine, ce qui semble etre le cas d'apres mes premieres analyses, mais shuuuut c'est une secret, enfin plus vraiment puisqu'on a soumis un resume a une conference mondial ou il va y avoir 5000 chercheurs . C'est pour ca que je veux l'etudier a fond. Si j'arrive a trouver une protease acides tres differentes, en couplant les deux on pourrait avoir une sorte de super ciseaux et ainsi faire du meilleur boulot ! Si ca marche je vais publier un gros papier dans un bon journal et ca sera toujours ca de pris sur le CV et peut-etre qu'un jour tout les gens utiliserons de la nepenthesin et qu'on verra des plantes dans tout les labos ^^
Bon voila, j'espere que ca a ete clair, j'ai essaye de faire au mieux, le plus didacticiel possible, mais vulgariser de la recherche c'est pas toujours evident. Si vous avez des questions je suis bien entendu la.