La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

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La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

Messagepar Aurélien » 04 Juil 2015 16:31

Encore un article qui m'a marqué dans la dernière Newsletter, mais pas vraiment en bien cette fois.

Le titre annonce crânement "Resolution of the relationships witin the North American pitcher plant genus, Sarracenia".

Et là, on se dit "ah, on va enfin savoir si S. rosea, S. alabamensis et S. jonesii sont de bonnes espèces ou pas".

Sur la moitié de la seconde page, on voit ce magnifique cladogramme, où "199 gènes ont été étudiés". On se frotte les mains.

Image

Sauf que l’article s'étale sur 3 pages, cladogramme, cartes de répartition et biblio comprises, ce qui fait light pour un sujet si complexe.

La position maintenue est celle de Mellichamp et Case (2009), où l'on a 11 espèces de Sarracenia et non 8 (donc S. rosea, S. alabamensis et S. jonesii semblent acceptées).

Mais...

Si on regarde ce fameux cladogramme, ça colle vraiment pas.

>Première chose :S. alabamensis est vraiment éloignée des autres S. rubra. C'est donc visiblement une espèce à part, y'a pas à sourciller (ou alors on doit compter S. leucophylla et S. alata comme sous espèces de S. rubra aussi !)

>Seconde chose : sur cette même lignée, on se retrouve avec S. jonesii juste à côté de S. rubra subsp. rubra. Donc, si on la considère comme une espèce à part, ce doit aussi être le cas pour S. rubra subsp. wherryi et S. rubra subsp. gulfensis, qui sont plus éloignées de ces deux là...
C'est vraiment le point le plus cagneux du papier.

>Troisième chose : S. rosea (S. purpurea subsp. venosa var. burkii) est intercallée entre S. purpurea subsp. venosa var. montana et S. purpurea subsp. venosa var. venosa. Ce qui, à mon sens, rend caduc le rang d'espèce. Ou, encore une fois, le rend possible à condition d'élever S. purpurea subsp. venosa var. montana aussi au rang d'espèce. Mais il est clair avec ce cladogramme que si S. purpurea subsp. purpurea et S. purpurea subsp. venosa sont des sous espèces, les deux autres mériteraient au moins le rang de sous espèce et pas celui de variété.

Voilà mon opinion là dessus... Sachant que je ne suis pas du tout systématicien et que ma lecture de l'arbre phylogénique des Sarracenia est peut-être fausse.
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Re: La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

Messagepar kisscool-38 » 04 Juil 2015 18:27

Je vois qu'on partage à peu près les mêmes opinions sur cet arbre :wink:

Néanmoins, un petit bémol. Le "complexe rubra/leucophylla/alata" n'est pas bien résolu. Il semble clair que S. alabamensis est à part, mais pour le reste, des bootstraps à 62, 61 et 52, c'est faible. Ensuite, l'arbre montré n'est clairement pas le meilleur pour l'interprétation, c'est du neighbour-joining transformé. Prends plutôt en compte le tout petit arbre sur la droite: c'est aussi du neighbour-joining mais non transformé, et donc cette fois ça représente les distances génétiques. Tu te rends compte que l'analyse ne permet de clairement distingué que 4 groupes: oreophila/rubra/alata/leucophylla, purpurea, minor et flava. Mon interprétation serait alors un peu différente:
- 1er point: impossibilité de distinguer S. rosea des autres S. purpurea car les distances génétiques sont bien plus faibles qu'entre les autres espèces (et tes conclusions restent valables si on veut tout de même le faire);
- 2e point: les échanges de gènes entre S. oreophila, S. rubra, S. alata et S. leucophylla sont très importants, ce qui tend à lisser les différences. Dans ce cas, cette branche est très peu résolutive (cf. bootstraps très faibles). On pourrait tout de même essayer de distinguer S. oreophila et S. alabamensis, mais le reste en tout cas non.

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Re: La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

Messagepar Aurélien » 05 Juil 2015 11:51

kisscool-38 a écrit:Je vois qu'on partage à peu près les mêmes opinions sur cet arbre :wink:

Néanmoins, un petit bémol. Le "complexe rubra/leucophylla/alata" n'est pas bien résolu. Il semble clair que S. alabamensis est à part, mais pour le reste, des bootstraps à 62, 61 et 52, c'est faible. Ensuite, l'arbre montré n'est clairement pas le meilleur pour l'interprétation, c'est du neighbour-joining transformé. Prends plutôt en compte le tout petit arbre sur la droite: c'est aussi du neighbour-joining mais non transformé, et donc cette fois ça représente les distances génétiques. Tu te rends compte que l'analyse ne permet de clairement distingué que 4 groupes: oreophila/rubra/alata/leucophylla, purpurea, minor et flava. Mon interprétation serait alors un peu différente:
- 1er point: impossibilité de distinguer S. rosea des autres S. purpurea car les distances génétiques sont bien plus faibles qu'entre les autres espèces (et tes conclusions restent valables si on veut tout de même le faire);
- 2e point: les échanges de gènes entre S. oreophila, S. rubra, S. alata et S. leucophylla sont très importants, ce qui tend à lisser les différences. Dans ce cas, cette branche est très peu résolutive (cf. bootstraps très faibles). On pourrait tout de même essayer de distinguer S. oreophila et S. alabamensis, mais le reste en tout cas non.



Merci pour ta lecture éclairée de personne qui s'y connaît en cladistique/génétique. Ça me permet de nuancer un chouïa mon point de vue...
La conclusion au final est qu'on a pour l'instant trop peu de données probantes pour conclure quoi que ce soit à l'intérieur desdits clades donc.

Une question quand même : tu peux nous éclairer sur ce qu'est un bootstrap et le chiffre qui va avec ?

Merci.

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Re: La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

Messagepar Foyout » 05 Juil 2015 19:27

Merci à vous deux, c'est très intéressant.
J'aurais la même question qu'Aurélien sur le bootstrap. :roll:
"Il aurait un rire sardonique qui inspire la terreur, pas trop sardonique quand même, parce qu'il sait pas ce que ça veux dire...
quand c'est mal fait ça fait pas peur !"

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Re: La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

Messagepar kisscool-38 » 05 Juil 2015 20:58

Il faudrait faire tout un cours pour expliquer ce que c'est, donc je vais juste résumer ce que ça implique. En gros, le bootstrap produit un pourcentage compris entre 50 et 100 (en dessous de 50, c'est pas bon et la branche n'est pas prise en compte). Ce chiffre va mesurer la "vraisemblance" des branches de l'arbre: plus on s'approche de 100, plus c'est fiable.

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Re: La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

Messagepar Aurélien » 06 Juil 2015 11:03

kisscool-38 a écrit:Il faudrait faire tout un cours pour expliquer ce que c'est, donc je vais juste résumer ce que ça implique. En gros, le bootstrap produit un pourcentage compris entre 50 et 100 (en dessous de 50, c'est pas bon et la branche n'est pas prise en compte). Ce chiffre va mesurer la "vraisemblance" des branches de l'arbre: plus on s'approche de 100, plus c'est fiable.


D'ac, merci. Pour nous autres profanes, ça éclaire suffisamment ! Si tu expliques trop, tu vas nous perdre...
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Re: La classification des Sarracenia : on n'avance pas.

Messagepar Foyout » 10 Juil 2015 10:49

Aurélien a écrit:
kisscool-38 a écrit:Il faudrait faire tout un cours pour expliquer ce que c'est, donc je vais juste résumer ce que ça implique. En gros, le bootstrap produit un pourcentage compris entre 50 et 100 (en dessous de 50, c'est pas bon et la branche n'est pas prise en compte). Ce chiffre va mesurer la "vraisemblance" des branches de l'arbre: plus on s'approche de 100, plus c'est fiable.


D'ac, merci. Pour nous autres profanes, ça éclaire suffisamment ! Si tu expliques trop, tu vas nous perdre...

+1
Pour mon niveau, ca suffit également. Merci.
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